Дух в оболонці. Початок - Межа перша: Фантомний біль

2027 рік, Японія... Не так давно Японія зазнала безлічі ядерних атак. Ця країна стала епіцентром дивних подій і такого бомбардування, немов весь Афганістан пепемістився в одну мить. Деяким містам вдавалося іноді перепочити, таким же був Нью Порт Сіті, хоч він ще і не встиг як слід оговтатися після останнього теракту.
Нещодавно було вбито одного з відомих офіцерів. Як пізніше з'ясувалося, він був замішаний у махінаціях зі зброєю, і тепер потрібно з'ясувати причину цієї смерті та знайти тих, хто його вбив. Цим займаються правоохоронці, які випадково зустріли свою колишню співробітницю - Мотоко Кусанагі. Навіть зараз вона бере участь в операціях і перебуває в 501 секторі. Бато підозрює Кусунагі, і навіть зміг переконати уряд, тепер за Мотоко ведеться стеження, мало не постійне.